Après 10 ans de ministère dans la paroisse du Grand-Temple à la Chaux-de-Fonds, le pasteur Werner Habegger occupe le poste d’aumônier cantonal de jeunesse.
Son travail consiste entre autres à former des jeunes après le catéchisme, à l’accompagnement des camps de caté et d’enfants.
Modérateur du Centre cantonal "Théologie, Education et Formation" (ThEF), il mène avec ses collègues une réflexion prospective sur la transmission de l’Evangile dans un cadre ecclésial chahuté.