Né en France, Jean-Marc Flückiger fait ses études en Suisse. Après l’obtention d’une licence et d’un doctorat en biologie à l’Université de Lausanne, il suit une formation comme officier de l’Armée du Salut à Bâle. Il a entrepris depuis le mois de septembre 2008 des études de théologie à distance à l’Université de Genève.
Il a exercé la fonction d’officier de l’Armée du Salut avec sa femme comme coéquipière dans divers endroits de Suisse. Il a également collaboré à la mise en place des premiers Kids Games en Suisse.
Marié à Nathalie, ils sont les parents de six enfants.